Pumasok ang ikalawang quarter ng 2021 sa Pilipinas na may record na bilang ng mga kaso ng coronavirus disease 2019 (COVID-19). Higit 864,000 na sa kasalukuyan, tinatayang aabot sa isang milyon ang bilang ng local coronavirus infection sa buong bansa sa pagtatapos ng buwan sa pagtataya ng isang research group.
Sinabi ni Cynthia Saloma, executive director ng Philippine Genome Center (PGC) sa University of the Philippines (UP), noong Abril 6 na ang isang maaaring kadahilanan sa biglang pagdami ng kaso ay ang paglitaw ng variants of concern, na naiulat na “50% higit na nakahahawa” kaysa sa mga naunang bersyon ng virus sa likod ng COVID-19.
Ang variants of concern ay ang mga mutated na bersyon ng isang virus na mas madaling makahawa, mas matindi ang kalubhaan ng sakit, o negatibo ang epekto sa paggamot at mga bakuna.
Paano nalalaman ng Pilipinas ang mga bagong variant na ito? Narito ang apat na bagay na kailangan mong malaman:
1. Ano ang genome sequencing?
Ang mga variant ay nadiskubre sa pamamagitan ng isang proseso na tinatawag na genome sequencing, na tinitingnan ang buong genetic makeup ng isang organismo at inihahambing ito sa iba pang mga sample ng virus.
Ang genome ay isang set ng mga genetic instruction na matatagpuan sa isang cell. Nakikita sa pagkakasunud-sunod ang mga mutation o pagkakamali at “misspellings” sa spike protein ng genome, na ginagamit ng virus para makakabit sa mga cell ng tao. (Tingnan ang Mutations and misunderstandings: Are we now dealing with a supercharged COVID-19?)
Sa kasalukuyan, ang PGC lamang ang gumagawa ng lingguhang genome sequencing, sinabi ni DNA Sequencing Core Facility head Benedict Maralit sa VERA Files Fact Check sa isang email. Ang UP National Institutes of Health at ang Research Institute for Tropical Medicine sa ilalim ng Department of Health ay inaatasan din na gawin ang pagtatasa.
“Nais ng sequencing program na makakuha ng isang pangkalahatang ideya ng ebolusyon at pagkalat ng SARS-CoV-2 sa Pilipinas upang ipaalam at gabayan ang public health policy,” dagdag niya sa Ingles.
Para makita ang mga variant ng SARS-CoV-2 (ang virus na sanhi ng COVID-19), ang PGC ay gumagamit ng isang teknolohiya na tinatawag na Next Generation Sequencing, na pinag-aaralan ang daan-daan hanggang milyon-milyong mga DNA fragment sa maraming mga sample, sinabi ni Maralit, pinuno ng programa ng isang SARS-CoV -2 genomic biosurveillance project na pinondohan ng Department of Science and Technology’s Philippine Council for Health Research and Development (DOST-PCHRD).
Sa prosesong ito, ang DNA at RNA ー na bumubuo ng mga genome ー ay pinaghihiwahiwalay sa maraming piraso. Matapos idagdag ang isang specialized adapter sa mga fragment na ito upang makita ang pagkakaibaiba ng mga ito, nagiging bahagi sila ng isang library na sinusuri sa isang sequencer.
Sa kasalukuyan, ang PGC ay nagse-sequence ng 750 mga sample kada linggo at mayroon din itong isang mas maliit na makina na maaaring makapag-sequence ng 48 na mga sample.
“Kailangan nating mag sequence ng malalim… kumbaga, ‘yung isang genome na ‘yan ise-sequence natin nang 2,000 beses para makita natin ‘yung mga maliliit na pagbabago,” sabi ni Saloma ng PGC sa halong Ingles at Filipino sa isang media forum noong Dis. 27, 2020.
2. Ano ang mga variant ng SARS-CoV-2 na nakita sa Pilipinas sa ngayon?
Kapag ang isang grupo ng mga coronavirus ay nagmana ng parehong set ng mga distinctive mutation, ito ay itinuturing na isang variant. Ang ilang mga mutation ay may “kaunti o walang epekto sa kung paano gumagana ang isang virus,” ayon sa mga eksperto mula sa Digital Health Lab ng global nonprofit na Meedan.
Gayunpaman, ang iba ay maaaring makapagbago kung gaano kadali kumalat ang virus, makaapekto sa kung paano ang pagkakasakit ng isang tao kapag nahawahan, o bawasan ang pagiging epektibo ng paggamot at mga bakuna — kung saan, maiuuri ito bilang isang variant of interest, of concern, o of high consequence.
Sa Pilipinas, ang mga sumusunod na variant of concern ay natukoy:
Sinabi ni Saloma ng PGC noong Abril 6 na 9.9% lamang ng higit sa 4,000 na mga sample ang na test mula noong Enero ang nagdala ng mga variant of concern.
“Kung ang lubos na nakahahawang virus ay hindi ma kontrol,” ang mga kaso araw-araw ay maaaring umabot sa 17,000 hanggang 18,000 sa kalagitnaan ng Abril, ang tinataya ng OCTA Research Group. Ang pinakamataas na bilang sa ngayon ng mga COVID-19 infection na iniulat sa isang araw ay 15,310 mga kaso noong Abril 2.
3. Gaano katagal ang kinakailangan para ma-sequence ang mga variant?
Ang buong proseso ng SARS-CoV-2 viral genome sequencing — partikular para sa isang malaking sample set tulad ng 750 sa isang solong sequencing run — ay “masyadong matagal at nakakapagod,” ayon sa PGC.
Ang proseso ng paghihiwalay at pagkuha ng DNA at RNA mula sa mga swab sample sa aktwal na paglo-load, pagbuo ng sequence data, at pagpapalabas ng kapaki-pakinabang na impormasyon mula dito ay maaaring tumagal ng tatlo hanggang pitong araw, sinabi ni Maralit sa VERA Files Fact Check.
“Ito (ang buong genome sequencing) ay nangangailangan ng isang specialized skill set at mahabang oras ng pagsasanay at isang bihasang team ng mga molecular biologist at tauhan ng laboratoryo,” dagdag niya sa Ingles.
Ang PGC ay may tatlong team: Clinical Genomics na may 20 miyembro, Sequencing na may 12, at Bioinformatics na may 11.
Idinagdag ni Maralit na maraming mga bottleneck sa proseso ng sequencing, kabilang ang napapanahong pagpapadala ng mga sample mula sa mga rehiyon.
Sinabi ni Health Undersecretary Maria Rosario Vergeire sa isang forum noong nakaraang buwan na kasama dito ang mga Region V (Bicol), VIII (Eastern Visayas), IX (Zamboanga Peninsula), at ang Bangsamoro Administrative Region in Muslim Mindanao (BARMM), na nahaharap sa mga problema sa transportasyon at kawalan ng mga laboratoryo.
Sinabi rin ni Maralit na ang ilang mga rehiyon ay walang madaling mapagkukunan ng dry ice, na kinakailangan upang maiwasan ang cross contamination o pagkasira ng mga sample.
Hanggang Abril 11, ang PGC ay nakapag-sequence ng higit sa 5,000 mga sample sa buong bansa.
Ang Pilipinas ay nakapagsuri lamang ng 9% (o halos 9.8 milyon) ng 110 milyong populasyon nito.
4. Paano nakakaapekto ang genome sequencing sa tugon ng gobyerno sa pandemic?
Sa isang ulat tungkol sa genomic sequencing ng SARS-CoV-2, sinabi ng World Health Organization na ang mga virus genome sequence ay maaaring magamit “upang siyasatin ang outbreak dynamics.”
Sa pag-aaral ng mga pagbabago sa laki ng epidemya sa paglipas ng panahon, ang pagkalat nito sa natukoy na oras at lugar, at mga ruta ng pagkalat nito, ang mga pambansa at lokal na awtoridad ay maaaring “mas maunawaan ang pagkalat ng SARS-CoV-2 at pagsubaybay sa paglitaw ng mga variant,” sinabi ng ulat.
Ang Pilipinas ay nagsimulang “palakasin at palawakin” ang kapasidad nito sa genome sequencing simula noong umpisa ng Enero, sinabi ni Vergeire sa mga reporter noong Marso 11.
Inihayag ni British Prime Minister Boris Johnson ang pagdiskubre ng B.1.1.7 variant noong Dis. 19, 2020.
Sinabi ni Maralit na layunin ng PGC na “magbigay ng impormasyon na susuporta sa mga patakaran” tulad ng pagtukoy kung aling mga lugar ang nangangailangan ng mga enhanced protokol para sa rekomendasyon sa mga lokal na pamahalaan para sa lokal na mga lockdown at iba pang katulad na transmission management strategies.
Iniutos kamakailan lamang ng pambansang pamahalaan ang pag downgrade ng enhanced community quarantine (ECQ) na ipinataw sa National Capital Region (NCR) Plus — na binubuo ng Metro Manila, Bulacan, Cavite, Laguna, at Rizal — mula Marso 29 hanggang Abril 11 dahil sa biglang pagdami ng mga kaso ng COVID-19, sa isang modified ECQ simula Abril 12 hanggang sa katapusan ng buwan.
Mga Pinagmulan
Department of Health, COVID-19 Tracker
OCTA Research Group: Philippines could reach 1 million COVID-19 cases by end-April
- PhilStar.com, 1 million COVID-19 cases seen by end-April, April 6, 2021
- Rappler, Octa Research: PH may hit 1 million COVID-19 cases by end-April, April 5, 2021
- ABS-CBN News, Philippines’ total COVID-19 cases may reach 1 million by end-April: OCTA, April 5, 2021
Presidential Communications Operations Office, #LagingHanda Public Briefing, April 6, 2021
Whole Genome Sequencing
- U.S. National Institutes of Health National Human Genome Research Institute, Talking Glossary of Genetic Terms
- U.S. National Institutes of Health National Cancer Institute, Definition of genomic sequencing – NCI Dictionary of Cancer Terms
- University of the Philippines System, Webinar 41 – Dr. Eva Maria Cutiongco-de la Paz_presenter (February 19, 2021).pdf, Feb. 19, 2021
- Illumina, Understanding the NGS Workflow
- Illumina, Targeted Next-Generation Sequencing versus qPCR and Sanger sequencing
- British Medical Journal Archives of Disease in Childhood: Education and Practice Edition, What is next generation sequencing?, Aug. 28, 2013
Mutations of Concern Infographic
- The New York Times, Coronavirus Variant Tracker
- Philippine Genome Center, PGC SARS-CoV-2 Bulletin No.1: Philippine Genome Center Reports Detection of the D614G Variant of SARS-CoV-2 Virus in the Philippines – Philippine Genome Center, Aug. 13, 2020
- GISAID, CoVariants
- medRXiv, Bamlanivimab does not neutralize two SARS-CoV-2 variants carrying E484K in vitro, Feb. 26, 2021
- Outbreak.info
- British Medical Journal, Covid-19: The E484K mutation and the risks it poses, Feb. 5, 2021
- The Scientist, A Guide to Emerging SARS-CoV-2 Variants, Jan. 26, 2021
- bioRXiv, The N501Y and K417N mutations in the spike protein of SARS-CoV-2 alter the interactions with both hACE2 and human derived antibody: A Free energy of perturbation study, Dec. 31, 2020
- BBC News, This is how new Covid-19 variants are changing the pandemic, Jan. 28, 2021
- bioRXiv, Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape, Jan. 19, 2021
- Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Recurrent emergence and transmission of a SARS-CoV-2 Spike deletion ΔH69/V70 | NCRC, Dec. 21, 2020
Variants of Concern:
- U.S. Centers for Disease Control and Prevention, Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants, Jan. 28, 2021
- U.S. Centers for Disease Control and Prevention, SARS-CoV-2 Variants of Concern, March 24, 2021
- John Hopkins Medicine, New Variants of Coronavirus: What You Should Know
- World Health Organization, SARS-CoV-2 Variants who.int, Dec. 31, 2020
B.1.1.7
- NERVTAG, NERVTAG note on B.1.1.7 severity, Jan. 21, 2021
- Nature, Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, March 15, 2021
B.1.351
- Nature, Rare COVID reactions might hold key to variant-proof vaccines news, March 19, 2021
- The New England Journal of Medicine, Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant, March 16, 2021
- bioRXiv, Neutralization of N501Y mutant SARS-CoV-2 by BNT162b2 vaccine-elicited sera, Jan. 7, 2021
- bioRXiv, SARS-CoV-2 501Y.V2 (B.1.351) elicits cross-reactive neutralizing antibodies, March 11, 2021
P.1
- medRXiv, Genomics and epidemiology of a novel SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil, March 3, 2021
- Meedan Digital Health Lab, What do we know so far about the variants of COVID-19 first identified in Brazil?, March 24, 2021
P.3
- Philippine Genome Center, PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: P.3, a new SARS-CoV-2 variant lineage for viruses with spike mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141-143 deletion first detected in the Central Visayas Region, March 13, 2021
- Department of Science and Technology – Philippine Council for Health Research and Development, What you should know about the P.3 variant detected in PH, March 30, 2021
- Department of Health, Beat COVID-19 Media Forum, April 7, 2021
Department of Health, DOH Presser: New SARS-CoV-2 variant, Dec. 27, 2020
Department of Health, Beat COVID-19 Media Forum, Feb. 19, 2021
Department of Health, Beat COVID-19 Media Forum, March 12, 2021
Department of Health, Media Solusyon Forum, March 17, 2021
Department of Health, Beat COVID-19 Media Forum, March 24, 2021
People’s Television Network, #LagingHanda Public Briefing, March 10, 2021
Department of Health, PH Genome Center Biosurveillance Report Batch 12-14, April 11, 2021
Inter-Agency Task Force on Emerging Infectious Diseases, Resolution No. 92, Jan. 5, 2021
World Health Organization, Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health, 8 January 2021, Jan. 8, 2021
Presidential Communications Operations Office, NCR Plus placed under MECQ until end of April, April 11, 2021
Presidential Communications Operations Office, Memorandum from the Executive Secretary: Imposition of Enhanced Community Quarantine (ECQ) in Bulacan, Cavite, Laguna, Rizal, and the National Capital Region, March 27, 2021
Presidential Communications Operations Office, NCR Plus remains ECQ for one week, April 3, 2021
(Ginagabayan ng code of principles ng International Fact-Checking Network sa Poynter, ang VERA Files ay sumusubaybay sa mga maling pahayag, flip-flops, nakaliligaw na mga pahayag ng mga pampublikong opisyal at kilalang personalidad, at pinasisinungalingan ang mga ito gamit ang tunay na ebidensya. Alamin ang inisyatibong ito at aming pamamaraan.)
